Robotnik baut eine Hightech-Unterwasserfestung und plant, Mobius zu fluten und die Kontrolle zu übernehmen. Um ihn zu stoppen, stürzen sich Sonic und Tails in den Kampf gegen die Gefahren des Ozeans, einschließlich Robotniks aquatischen Badniks. Unterwegs treffen sie auf eine Gruppe unterdrückter Unterwasserbewohner, die ihnen helfen, die Festung zu infiltrieren. Sonic nutzt seine Schnelligkeit und seinen Verstand, um Robotnik zu überlisten, die Basis zu sabotieren und sie zum Einsturz zu bringen. Am Ende entkommen Sonic und Tails gerade noch rechtzeitig und bewahren Mobius davor, unter Robotniks Herrschaft zu versinken.